Los Grupos de Trabajo Binacionales (GTB) tiene por misión apoyar el trabajo del Subcomité de Coordinación Científico Técnico (SCCT), así como ejecutar análisis o investigaciones específicas en el ámbito de sus respectivas competencias. Están integrados principalmente por investigadores de IFOP e IMARPE, y corresponden a los siguientes 5 grupos:

• GTB Evaluaciones directas
• GTB Evaluación indirecta
• GTB Oceanografía pesquera
• GTB Biología pesquera
• GTB Bio-socio – economía