La función del comité directivo es guiar la implementación del proyecto, verificar y aprobar el plan operativo anual, así como proporcionar orientación estratégica a la conducción general del proyecto.

El Comité Directivo está conformado por el Subsecretario de Pesca y Acuicultura de Chile, el Viceministro de Pesca y Acuicultura de Perú, y la Representante Residente PNUD – Chile