El Comité Técnico es un espacio de coordinación inter-institucional binacional. Su rol principal es proveer orientación técnica en apoyo al logro de los resultados del proyecto.

Esta co-presidido por los Directores Nacionales del proyecto, y está integrado por personas formalmente designadas de la Subsecretaría de Pesca y Acuicultura de Chile, el Viceministerio de Pesca y Acuicultura de Perú, el Ministerio del Medio Ambiente de Chile, el Ministerio de Ambiente de Perú, el Servicio Nacional de Pesca y Acuicultura de Chile, el  Servicio Nacional de Áreas Naturales Protegidas por el Estado de Perú, el Instituto de Fomento Pesquero de Chile, el Instituto del Mar del Perú,  el Ministerio de Relaciones Exteriores de Chile, el Ministerio de Relaciones Exteriores del Perú, y los puntos focales operativos del GEF en cada país.